Spesial dia

Di Jepang dalam waktu dekat, di sebuah kota bernama "Suse", warganya menjalani kehidupan biasa. Namun di pojok kota, di atas bukit berdiri sebuah pabrik yang dibangun oleh produsen alat kesehatan berbentuk seperti besi. Pada waktu-waktu tertentu setiap harinya, pabrik mengeluarkan banyak uap seperti baru saja disetrika. Naota, seorang siswa kelas enam sekolah dasar, menghabiskan waktu di tepi sungai bersama seorang gadis SMA, Makimi, pacar saudara laki-laki Naota yang sedang belajar di luar negeri. Hari-hari biasa yang seharusnya terus berlanjut berakhir ketika trem yang dikendarai oleh gadis lebah legendaris, Keiko, menabrak Naota. Naota memiliki tanduk aneh yang tumbuh di kepalanya! Namun, Keiko justru menjadi pelayan keluarga Naota dan masuk ke dalam keluarga Naota. Rahasia Keiko dan arti "FLCL" yang sering dibicarakannya telah mengubah hidup Naota secara drastis.