Berbagai Variasi Dewa Sayap Shiyin

MU, ras dari dimensi lain, menduduki Tokyo dan menyembunyikan kota itu di balik tembok pelindung besar. Mereka menipu masyarakat yang tinggal di Tokyo bahwa merekalah satu-satunya manusia yang tersisa di dunia. Di luar tembok pelindung, organisasi anti-MU bernama "TERRA" secara bertahap mendapatkan momentum. Suatu hari, saat terjadi baku tembak sengit dengan MU, seorang anak laki-laki biasa bernama Ayato Ayato (dijuluki oleh Shimono Huan) secara tidak sengaja datang ke kuil bawah tanah di Teluk Tokyo. Di sini, Ayato bertemu dengan robot raksasa "Rahxephon" dan menjadi pengemudinya. Di bawah kepemimpinan wanita misterius Zi Dongyuan (disuarakan oleh Hisakawa Aya), Ayato keluar dari tembok pelindung dan bergabung dengan TERRA, di mana dia bertemu dengan seorang wanita bernama Kisaragi Kuon (disuarakan oleh Kuwashima Noriko). Organisasi MU melancarkan serangan terhadap TERRA. Ketika kelangsungan hidup TERRA berada dalam krisis, Ayato sekali lagi mengusir Rahxephon dan menjadi penyelamat organisasi ini.