Kapal Perang Luar Angkasa Yamato 2199

Pada tahun 2199, musuh dari luar tata surya, Kekaisaran Gamilas, mulai menyerbu planet lain demi menyelamatkan planet asal mereka dari bahaya. Tentara Bumi menderita kekalahan telak dalam pertempuran dengan Tentara Kekaisaran Garmilla. Pada saat yang sama, Tentara Kekaisaran Garmilla meluncurkan sejumlah besar bom bintang radioaktif ke arah Bumi. Daya tahan bumi semakin lemah. Ben dan Gamilas datang membantu planet kembar Iskandar, mengirimkan gambar desain mesin gelombang dan meriam gelombang ke bumi, dan memberi tahu tentara bumi bahwa planet tersebut memiliki peralatan "Cosmic Cleaner D" untuk menghilangkan energi radioaktif. Setelah kehilangan kontak dengan Eropa dan Amerika, Pasukan Pertahanan Bumi menggunakan teknologi yang disediakan oleh planet Iskandar untuk mengubah Yamato yang tertidur di dasar laut menjadi kapal perang luar angkasa. Seluruh kru Yamato memulai perjalanan panjang untuk mengambil "Space Cleaner D".