Malaikat Pencipta

Di Bumi pada Era Penciptaan 0011, akibat mutasi besar 11 tahun lalu, umat manusia kehilangan 23% populasinya. Gunung es di Antartika mencair, Atlantia, yang musnah 12.000 tahun lalu, muncul kembali, dan "Sayap Jatuh" dengan sayapnya dihidupkan kembali. Mereka mengirimkan senjata biomekanik "Mythical Beasts" ke kota manusia satu demi satu, menangkap manusia, dan menyerap energi biologis "Purana". Di sisi lain, umat manusia bertekad untuk melawan dan menemukan tiga jet tempur hibrida "Vector Machine" dari reruntuhan bawah air. Inilah senjata legendaris yang memaksa Fallen Wings punah 12.000 tahun lalu. Setelah Mesin Vektor digabungkan, "Mesin Malaikat Aquarion" akan segera muncul. Untuk mengaktifkan Aquarion, seseorang harus mampu merasakan dan beresonansi dengan kehidupan mekanis tubuh, yang disebut “Elemen”. Hal ini membutuhkan indra yang tajam dan jiwa yang murni, sehingga anak laki-laki dan perempuan berusia sekitar lima belas tahun dipilih sebagai pilot dan dikumpulkan bersama. Kemudian, akhirnya tiba waktunya untuk menggabungkan "Mesin Malaikat Aquarion"...