명탐정 코난: 쿠로가네의 물고기 그림자

이야기는 전 세계의 경찰 감시 카메라를 연결하는 해양 시설 '퍼시픽 부이'가 건설된 도쿄 하치조 섬 앞바다에 펼쳐진다. 시설이 공식적으로 가동되기 전에 유로폴 관할권과 네트워크를 구축하기 위해 전 세계의 IT 엔지니어들이 현장을 찾았습니다. 동시에 안면인식 시스템을 활용한 '신기술' 테스트도 진행 중이다. 한편, 코난과 젊은 탐정단은 소노코의 환대를 받으며 고래를 관찰하기 위해 하치조섬으로 향했다. 이때 코난은 야오 오키(아카이 슈이치)로부터 전화를 받고 유로폴 대원들이 독일에서 진에게 살해당했다는 소식을 듣게 된다. 코난은 진상을 조사하기 위해 경비 업무를 위해 '태평양 부표'로 향하던 쿠로다 베이와 경시청 직원들의 경비정에 몰래 몰래 들어가 시설 안으로 들어갔다. 이후 시스템 가동을 위한 준비가 착실히 진행되고 있던 시설에서 여성 엔지니어가 흑인 조직에 납치되는 사건이 발생했고, 그녀의 손에 있던 일부 정보가 담긴 USB 플래시 드라이브도 흑인 조직의 손에 넘어갔다. 바다에서 프로펠러의 으스스한 소리가 들렸다. 이때 하치조섬에 있던 하이바라 아이에게 조용히 다가오는 어두운 그림자가 있었는데...