특별한 그녀

가까운 미래의 일본에서는 '수세'라는 도시에서 시민들이 평범한 삶을 살아가고 있습니다. 그러나 도시 한구석, 언덕 위에는 의료기기 제조사가 세운 철처럼 생긴 공장이 서 있다. 매일 일정한 시간이 되면 공장에서는 마치 다림질을 한 것처럼 엄청난 증기가 뿜어져 나옵니다. 초등학교 6학년 나오타는 유학 중인 나오타 형의 여자친구인 여고생 마키미와 함께 강가에서 시간을 보낸다. 계속될 예정이었던 평범한 나날은 전설적인 꿀벌 소녀 케이코가 운전하는 전차가 나오타를 덮치면서 끝났습니다. 나오타의 머리에는 이상한 뿔이 자라고 있어요! 그러나 케이코는 실제로는 나오타 가문의 하인이 되어 나오타 가문에 입문하게 된다. 케이코의 비밀과 그녀가 자주 말하는 'FLCL'의 의미는 나오타의 삶을 획기적으로 바꿔놓았다.