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토마사야(토다 에리카 분)와 세후미 펜류(카세 료 분)가 만나기 1년 전인 2009년. 미국 FBI 유학을 마치고 돌아온 토마는 팀장 노노무라 코타로의 직속으로 경시청 경시청 5계 미지사 사건 대책부에 배속된다. 얼마 전 대형 석유회사 임원들이 잇달아 살해됐다. 고인의 마음에는 예외 없이 손으로 꼬집은 흔적이 남아 있다. 분명히 이러한 일련의 사건은 소위 SPEC 보유자와 매우 밀접한 관련이 있습니다. 같은 시각 석유회사 임원 디아블로(오스기 렌 분)는 수수께끼의 SPEC 킬러를 막기 위해 수수께끼의 SPEC 보유자 일레븐(카미키 류노스케)을 높은 연봉에 고용했다. 일레븐, 장래에 토마, 세후미와 불가해한 관계를 맺게 될 이 막강한 상대는 토마를 자신의 부모를 죽인 폭탄 소녀로 여겼고, 나중에는 토우마가 미국에서 만난 친구 낸시를 죽였다. 이제 SPEC의 장대한 장이 시작되었고, 세계의 운명을 결정할 주요 사건의 카운트다운이 시작되었습니다...