잃어버린 방주의 침입자

19년 후, 인디애나 존스 박사(해리슨 포드(포드))는 엑터 왕국의 잃어버린 수정 해골을 원래 자리로 되돌리기 위해 다시 나선다. 신성한 물건을 돌려주는 자에게는 큰 힘이 주어질 것이라는 전설이 있다. 존스의 오랜 친구 오크스가 수정 해골을 발견하기 전까지는 그저 전설에 불과했다. 그러나 오크스는 나중에 어떤 이유에서인지 정신을 잃고 소련 비밀요원의 손에 넘어갔다. 차가운 여성 스파이 이리나(케이트 블란쳇)의 우두머리는 소위 신비한 힘에 매료된 그녀는 잃어버린 황금 도시 엑토르 왕국을 찾기 위해 존스 일행을 데리고 아마존 분지로 가도록 강요하는데, 그곳에서 존스 일행은 늪지대, 식인개미, 원시적인 토착민들의 공격 등 치명적인 위협을 동반하며, 페루의 정글에서 치열한 전투를 벌인다.