Istimewa dia

Di Jepun dalam masa terdekat, di bandar yang dipanggil "Suse", rakyat menjalani kehidupan biasa. Namun, di sudut kota, di atas bukit berdiri sebuah kilang yang dibina oleh pengeluar peralatan perubatan yang kelihatan seperti besi. Pada waktu tertentu setiap hari, kilang mengeluarkan banyak wap seolah-olah ada sesuatu yang baru diseterika. Naota, seorang pelajar sekolah rendah darjah enam, menghabiskan masa di tepi sungai dengan seorang gadis sekolah menengah, Makimi, teman wanita abang Naota yang belajar di luar negara. Hari-hari biasa yang sepatutnya diteruskan berakhir apabila trem yang dipandu oleh gadis lebah legenda, Keiko, melanggar Naota. Naota mempunyai tanduk aneh yang tumbuh di kepalanya! Namun, Keiko sebenarnya menjadi hamba kepada keluarga Naota dan memasuki keluarga Naota. Rahsia Keiko dan maksud "FLCL" yang sering diperkatakannya telah mengubah hidup Naota secara drastik.