Kehilangan Haruhi Suzumiya

Dengan hanya 8 hari menjelang Krismas, kumpulan SOS, di bawah panggilan Haruhi Suzumiya, merancang pesta karnival Krismas seperti yang dijangkakan. Tetapi pada pagi 18 Disember, Xu mendapati bahawa dunia di sekelilingnya telah berubah sedikit. Kelas 1, 9, hilang. Asahina-senpai menganggapnya sebagai orang yang lalu lalang. Malah Asakura, yang telah lama meninggal dunia, duduk di belakang Kyon dan bukannya Haruhi Suzumiya, manakala Haruhi hilang seolah-olah dia telah hilang dari dunia. Apabila dia bergegas ke kelas kumpulan SOS, dia hanya melihat Nagato Yuki sedang duduk bersendirian di sudut membaca buku. Nagato, yang sentiasa tenang dan dingin seperti ais, berubah menjadi seorang gadis yang pemalu dan pemalu. Daripada petunjuk yang ditinggalkan oleh Nagato sehari sebelumnya, Kyon menilai bahawa dunia seolah-olah telah disusun semula oleh seseorang. Pada masa ini, Kyon memegang kunci untuk menghubungkan dua dunia yang sama sekali berbeza. Dia berhadapan dengan pilihan utama...