Puella Magi Madoka Magica Kisah Pemberontakan Bab Baharu Teater

Kota Mitakihara yang tenang dan damai dilindungi oleh gadis ajaib Madoka Shikama (disuarakan oleh Yuuki Aoi), Sayaka Miki (disuarakan oleh Eri Kitamura), Mami Tomoe (disuarakan oleh Kaori Mizuhashi) dan Kyoko Sakura (disuarakan oleh Aoi Nonaka). Mereka telah mengalahkan "mimpi ngeri" yang timbul jauh di dalam jiwa manusia berkali-kali, dan mengelilingi kota, keluarga dan rakan-rakan mereka yang paling dihargai dengan segala kekuatan mereka. Pada hari ini, gadis cantik Xiaomi Homura (disuarakan oleh Chiwa Saito) datang ke kelas Madoka sebagai pelajar pindahan. Madoka dan yang lain tanpa diduga mendapati Xiaomei juga merupakan salah seorang gadis ajaib. Selepas itu, lima gadis ajaib itu bekerjasama untuk menyelesaikan krisis yang disebabkan oleh mimpi buruk berturut-turut. Persahabatan mereka sangat erat dan mereka bergaul sangat harmoni, tetapi Xiaomei berasa samar-samar tidak senang dengan perasaan tidak taat yang sentiasa ada di sekelilingnya. Suatu hari, dia meminta Kyoko pergi ke Fengmihara bersamanya untuk mengetahui apa yang sedang berlaku. Namun, mereka berdua menghabiskan banyak masa dan tidak dapat keluar dari Mitakihara. Xiaomei akhirnya menyedari bahawa dia dan rakan-rakannya seolah-olah dimeterai dalam penghadang ahli sihir oleh seseorang. Penjelmaan semula yang tidak berkesudahan dan ilusi cinta menjerumuskan gadis-gadis itu ke dalam jurang kekacauan yang tidak berkesudahan...