Malaikat Penciptaan

Di Bumi dalam Era Penciptaan 0011, disebabkan mutasi hebat 11 tahun yang lalu, manusia kehilangan 23% penduduknya. Gunung ais di Antartika cair, Atlantia, yang musnah 12,000 tahun lalu, muncul semula, dan "Sayap Jatuh" dengan sayap dihidupkan semula. Mereka menghantar senjata biomekanikal "Mythical Beasts" ke bandar-bandar manusia satu demi satu, menangkap manusia, dan menyerap tenaga biologi "Purana". Sebaliknya, manusia berazam untuk melawan dan mencungkil tiga jet pejuang hibrid "Vector Machine" dari runtuhan bawah air. Ini adalah senjata legenda yang memaksa Fallen Wings pupus 12,000 tahun yang lalu. Selepas Mesin Vektor digabungkan, "Machine Angel Aquarion" akan muncul. Untuk mengaktifkan Aquarion, seseorang itu perlu dapat merasakan dan bergema dengan kehidupan mekanikal badan, yang dipanggil "Elemen". Ini memerlukan deria yang tajam dan jiwa yang murni, jadi kanak-kanak lelaki dan perempuan yang berumur sekitar lima belas tahun dipilih sebagai juruterbang dan berkumpul bersama. Kemudian, akhirnya tiba masanya untuk menggabungkan "Machine Angel Aquarion"...