เต่านินจากลายพันธุ์วัยรุ่น

หลังจากส่งชไนเดอร์กลับไปบ้านเกิดแล้ว เต่านินจาทั้ง 4 ตัวที่ครั้งหนึ่งเคยสนิทสนมกันเหมือนพี่น้องก็ไม่อยากต่อสู้ด้วยกันเหมือนเมื่อก่อนอีกต่อไปเพราะพวกเขาไม่มีศัตรู พวกเขาแต่ละคนเรียนในสาขาที่ตนเองชอบแทน เต่านินจากลายพันธุ์ที่เคยแสดงร่วมกันกลายเป็น "เรนเจอร์ผู้โดดเดี่ยว" สี่คน! ในเวลานี้ มีเรื่องแปลกๆ เกิดขึ้นมากมายในนิวยอร์กซิตี้ ปรากฎว่านักอุตสาหกรรม Maximilian J. Waiters ตั้งใจที่จะยึดครองนครนิวยอร์กและฝึกฝนกองทัพสัตว์ประหลาดโบราณอย่างลับๆ เมื่อร่วมมือกับองค์กร Foot Clan องค์กรนินจาชื่อดัง กองกำลังด้านมืดต่างๆ พร้อมที่จะเคลื่อนพลไปทั่วมุมเมือง! เหล่าเต่าพร้อมทำสงครามอีกครั้ง! พวกเขารวมตัวกันอีกครั้งและเตรียมโจมตีกองกำลังแห่งความมืด!