เรือรบอวกาศยามาโตะ | | ในตอนท้ายของศตวรรษที่ 22 มนุษย์ต่างดาวที่ไม่รู้จักซึ่งเรียกว่า "กามิลาส" ได้เข้ายึดครองดาวอังคารและยังคงปล่อยระเบิดดาวเคราะห์น้อยที่มีสารกัมมันตภาพรังสีสูงมายังโลก ทำให้เกิดการบาดเจ็บล้มตายและการบาดเจ็บมากมายแก่ผู้คนบนโลกที่จวนจะสูญพันธุ์และถูกบังคับให้ต้องลงใต้ดินเพื่อเอาชีวิตรอด ในช่วงเวลาวิกฤตินี้ มนุษยชาติได้จัดตั้งกองยานอวกาศเพื่อสำรวจดาวอังคาร เป็นผลให้กองทัพเกือบทั้งหมดถูกกวาดล้าง ยามาโตะที่รอดมาโดยบังเอิญกลายเป็นความหวังสุดท้ายของมนุษยชาติ ในเวลาเดียวกัน อุปกรณ์ลึกลับได้เดินทางหลายพันไมล์ข้ามกาแลคซีและตกลงบนโลก หลังจากการทดสอบพบว่าอุปกรณ์สามารถกำจัดสารกัมมันตภาพรังสีได้ เพื่อที่จะขอความช่วยเหลือจากเจ้าของอุปกรณ์ ซึ่งเป็นสิ่งมีชีวิตที่ชาญฉลาดอย่างยิ่งบนดาวอิสกันดาร์ในเมฆแมกเจลแลน มนุษย์จึงตัดสินใจเคลื่อนไหวอย่างสิ้นหวังและส่งยามาโตะเข้าร่วมการสำรวจครั้งนี้ Shin Koro (รับบทโดย Takuya Kimura) อดีตสมาชิกของ Space Fleet ที่สูญเสียน้องชายของเขาไปใน Battle of Mars ถูกเรียกกลับมาร่วมทีมและกลายเป็นพยานถึงช่วงเวลาประวัติศาสตร์อันยิ่งใหญ่ร่วมกับกลุ่มเพื่อน และกาเมลาสผู้เรียนรู้เกี่ยวกับการเคลื่อนไหวของมนุษย์ก็ปล่อยคลื่นแห่งการโจมตีร้ายแรง... ภาพยนตร์เรื่องนี้ดัดแปลงมาจากผลงานต้นฉบับในชื่อเดียวกันโดยเลอิจิ มัตสึโมโตะ