Phần thứ sáu của Yu-Gi-Oh! VRAIN

Giai đoạn của câu chuyện là "DEN CITY", một thành phố có hệ thống Internet phát triển. Có một không gian VR mang tên "LINK VRAINS" được xây dựng bởi công ty khổng lồ "SOL Technology" sử dụng công nghệ mạng tiên tiến. Mọi người rất hào hứng khi trải nghiệm một trận đấu tay đôi hoàn toàn mới trong không gian VR đó. Tuy nhiên, trong "LINK VRAINS", một nhóm hacker bí ẩn "Hiệp sĩ Hanouin" xuất hiện sử dụng các cuộc đấu tay đôi để thực hiện các hoạt động hack. Và mục tiêu của họ là tiêu diệt “thế giới AI = thế giới điện tử” đang tồn tại đâu đó trên Internet. Tuy nhiên, khi thế giới bị đe dọa như thế này, một đấu sĩ đã đứng lên. Và tên anh ấy là "Playmaker". Trong trận chiến huyền thoại đó, "Playmaker" đã sử dụng một trận đấu tay đôi áp đảo để đánh bại các "Hiệp sĩ Hainoin" và chiếm giữ thành công chương trình AI bí ẩn mà cả "Câu lạc bộ Công nghệ SOL" và "Hiệp sĩ Hainouin" đều muốn có được. Anh từng cứu thế giới nhưng sau đó đột ngột biến mất, tên tuổi của anh ngay lập tức trở nên nổi tiếng và trở thành huyền thoại trong thế giới Internet. Và bây giờ, Fujiki Yusaku, một học sinh trung học nào đó là con người thật của "Playmaker", đang cố gắng tìm ra sự thật về một sự việc đã xảy ra trong quá khứ.