Truyền giáo Neon Genesis

Sau "Tác động thứ hai", thảm họa xảy ra trên thế giới, thế giới được xây dựng lại trên đống đổ nát. Cậu bé 14 tuổi Ikari Shinji được cha Ikari Gento gọi đến New Tokyo 3. Anh tưởng mình sẽ được cha mình chào đón nhưng thay vào đó anh nhìn thấy một sinh vật to lớn tên là "Tông đồ" đang giao tranh với quân đội. Trong lúc nguy cấp, Misato Katsuragi của cơ quan mật vụ NERV đã giải cứu Shinji và đưa anh về trụ sở NERV do Ikari Gento chỉ huy. Nhưng điều chào đón Shinji là mệnh lệnh lạnh lùng của cha anh: lái một con robot hình người khổng lồ tên là "EVA" để chiến đấu với tông đồ. Shinji, người đã từ chối, quyết định tuân theo mệnh lệnh của cha mình sau khi nhìn thấy tài xế thay thế Ayanami Rei bị thương nặng. Bằng cách này, Shinji, người chưa bao giờ được huấn luyện chiến đấu, chuẩn bị lái Đơn vị EVA 1 để đối mặt với các tông đồ. Các tông đồ không ngừng tấn công, Rei Ayanami không rõ danh tính và tài xế Soryu Asuka Langley đến từ Đức, cậu bé 14 tuổi phải đối mặt với những thử thách vượt xa khả năng của mình. Nhưng Ikari Yuandu bình tĩnh quan sát mọi thứ, và một kế hoạch bí ẩn mang tên "Kế hoạch hoàn thiện con người" đang được hiện thực hóa theo kế hoạch của anh.