Tổng lãnh thiên thần sáng tạo

Trên Trái đất vào Kỷ nguyên Sáng tạo 0011, do cuộc đại đột biến 11 năm trước, loài người đã mất đi 23% dân số. Các tảng băng trôi ở Nam Cực tan chảy, Atlantia, vốn đã bị diệt vong 12.000 năm trước, xuất hiện trở lại và "Đôi cánh sa ngã" có đôi cánh hồi sinh. Họ lần lượt gửi vũ khí cơ sinh học "Quái thú thần thoại" vào các thành phố của con người, bắt giữ con người và hấp thụ năng lượng sinh học "Purana". Mặt khác, nhân loại quyết tâm chống trả và khai quật được ba máy bay chiến đấu lai "Máy Vector" từ đống đổ nát dưới nước. Đây chính là vũ khí huyền thoại đã khiến Fallen Wings tuyệt chủng cách đây 12.000 năm. Sau khi các Máy Vector được kết hợp, "Machine Angel Aquarion" sắp xuất hiện. Để kích hoạt Aquarion, người ta cần có khả năng cảm nhận và cộng hưởng với cuộc sống cơ học của cơ thể, được gọi là "Nguyên tố". Điều này đòi hỏi giác quan đặc biệt nhạy bén và tâm hồn trong sáng nên các chàng trai, cô gái khoảng mười lăm tuổi đã được chọn làm phi công và tụ tập lại với nhau. Sau đó, cuối cùng cũng đến lúc kết hợp "Machine Angel Aquarion"...